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南京大学昆山创新研究院成立于2011年4月，是昆山市政府和南京大学共建共管、经昆山市人事局编制办公室批准的自收自支的独立事业法人单位，是南京大学国家双创示范基地昆山基地。2012年，被列入“江苏省产学研联合创新资金重大创新载体项目”，获得资助建设。