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中国科学院动物研究所是以动物科学基础研究为主的社会公益型国家级科研机构。以野生动物和模式动物为研究对象，开展现代动物学研究，服务于人口健康、农业和生物多样性保护等国家重大需求。在细胞编程与重编程的机制、生殖与发育调控、生物灾害爆发机制与控制、物种濒危机制与保护等领域发挥引领作用；在动物分类与进化、农业虫鼠害防控和濒危动物保护中发挥不可替代的作用。动物研究所“一三五”战略规划目标包括三个重大突破和六个重点培育方向：三个重大突破：（一）干细胞与再生医学；（二）害虫害鼠行为调控；（三）动物进化与保护。六个重点培育方向：（一）生育力维持与生殖健康；（二）膜生物学与重大疾病；（三）有害生物成灾机制与防控；（四）物种的濒危机制与保护；（五）动物多样性格局形成与演化机制；（六）人类疾病动物模型的创制。

新疆分院系统包括4个独立法人单位，即新疆分院机关、新疆生态与地理研究所、新疆理化技术研究所、新疆天文台。新疆分院系统研究所、台围绕国家“十三五”规划，中国科学院“创新2020”、“一三五”规划、“率先行动”计划等重大部署，结合新疆实际，不断凝练与提升科技创新目标，形成了十二个特色研究领域和方向：绿洲生态与绿洲农业，荒漠环境与生态修复，干旱区生物多样性，中亚成矿域与地质成矿，中亚自然资源与生态环境；资源化学、材料物理与化学、多语种信息技术、环境工程与技术；射电天文与技术、光学天文与技术应用、应用天文。