分子发育生物学国家重点实验室前身是中科院分子发育生物学重点实验室。实验室于1994年成立，是我国在发育生物学领域建立最早的部门重点实验室，在发育生物学的基础研究领域取得了重要进展，并通过细胞核移植和转基因技术得到我国第一批克隆羊和转基因羊。随着优秀人才的不断引进，重点实验室在细胞凋亡、配子发生的分子机理、神经发育和神经疾病的分子机制、干细胞发育等国际前沿领域取得了重要进展。现已形成国内最完整的以线虫、果蝇、斑马鱼、爪蛙、小鼠、拟南芥和水稻等为模式生物的发育生物学研究体系，运用遗传与分子生物学手段，研究范围覆盖了生物个体发育的各个阶段。经过十多年的不懈努力，重点实验室现已形成特色突出、力量集中且结构合理的研究格局，相继建成了发育生物学的研究平台和资源库。目前承担多项国家重大研究计划项目，是我国分子发育生物学领域最活跃、体量最大、模式生物体系最完整的研究团队之一。