南方医科大学深圳医院是新医改形式下，由深圳市政府按照三甲医院标准投资新建的一所公立医院，按照“管办分离”的模式委托南方医科大学全面管理，成为南方医科大学第六所直属附属医院。是深圳市政府实施医疗卫生“三名工程”和政校合作推进公立医院改革的重大项目，由深圳市政府提供医院运营和可持续发展的政策与经费支持。