南通市温州商会成立于1999年10月8日，她的前身为南通市浙温经济贸易协会，为国内最早的地级市温州商会之一，是南通市最早的具有一级法人资格的民间组织之一。2006年11月换届并更名，2011年11月召开第三次会员大会，2015年11月举行第四次会员大会，成立本届即第四届理事会。