植物保护研究所成立于1958年，是甘肃省唯一专门从事农作物病虫草鼠害研究和防治的省级科研机构，全省农作物种质资源及品种抗病虫性鉴定权威部门，被农业部认定为全国农药登记药效试验认证单位。

甘肃省农业科学院农产品贮藏加工研究所成立于2001年，属公益类科研事业单位，主要从事农产品精深加工、采后处理、贮运保鲜等技术的研究与新产品开发；特色植物资源有效成分分析评价与利用研究；农产品现代贮运工程技术集成示范等工作。

甘肃省农业科学院蔬菜研究所成立于1978年10月，其前身为甘肃省农科院园艺研究所（成立于1958年10月）。

甘肃省农业科学院工程咨询研究中心成立于2001年，是国际咨询工程师联合会（FIDIC）成员协会、中国工程咨询协会和甘肃省工程咨询协会会员单位，业务涵盖农业、林业、商物粮、生态建设和环境工程等领域，业务主要覆盖甘肃全省及西部等省份。