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中国科学院空间应用工程与技术中心代表中国科学院牵头负责载人航天等重大科技应用系统方面的总体管理和技术集成。设立系统工程部、专业技术部、战略发展部、可靠性保障中心4个科研及任务支撑部门。其中系统工程部下设系统设计研究室（并行设计与仿真实验室）、集成测试研究室（空间软件评测中心）、有效载荷运控中心；专业技术部下设电子信息技术研究室、结构热控技术研究室、综合保障技术研究室；战略发展部下设战略规划研究室、空间探索研究室、数据利用中心。